В то время как в Петрограде большевики и левые эсеры, закрыв глаза на свои разногласия, совместно работали для сохранения Советской власти в городе, расхождение между коммунистами и левыми эсерами в центральном правительстве в Москве стремительно нарастало. Их «медовый месяц» оказался внезапно прерван во второй половине марта, после ратификации Брестского мирного договора Четвёртым съездом Советов и выхода левых эсеров из Совнаркома. В апреле-июне отношения между национальным руководством партии левых эсеров и ленинским Совнаркомом становились всё хуже по причине постоянных уступок последнего немцам, а также многих внутриполитических шагов большевистского правительства. Такие меры, как введение продовольственной диктатуры; использование рабочих продотрядов и комитетов деревенской бедноты для насильственного изъятия хлеба у крестьянства; опора на буржуазных специалистов в управлении промышленностью и техническом руководстве вооружёнными силами; восстановление высшей меры наказания, символом которого стала казнь «Адмирала» Щастного, шли вразрез с принципами большинства левых эсеров. С их точки зрения, эти меры были несовместимы с революционной этикой, международным характером социальной революции, определениями класса и классовой борьбы и народно-демократическими принципами, лежащими в основе Советской власти.
С другой стороны, в глазах Ленина и большевистского правительства, всё более активные выпады левых эсеров против их политики, наряду с резко возросшей поддержкой левых эсеров в массах, особенно крестьянских1, представляли угрозу и хрупкому миру с Германией, и весьма непрочной власти самих большевиков. Ответом Ленина стала острая критика левых эсеров во ВЦИКе и во втором открытом «Письме к питерским рабочим»2. В результате, с началом лета левые эсеры и большевики вступили на путь неминуемого столкновения, что имело серьёзные последствия для большевистско-левоэсеровского сотрудничества в Петрограде.